La actividad central del Instituto, vinculada a la investigación, está organizada en Programas y Grupos de Trabajo. En el marco de los mismos se desarrollan conferencias de profesores de diversas universidades del país y del extranjero como así también cursos y seminarios donde se discuten trabajos de sus investigadores y de invitados especiales.
Grupos de trabajo
Redes
| RER | Red de Estudios Rurales |
| REBAL | Red de Estudios Biográficos de América Latina |
| RELIGIO |
Red RELIGIO de Estudios sobre instituciones, creencias y prácticas religiosas del catolicismo |
| REMar |
Áreas
| AHD | Área de Historia Digital |
| AMH | Área de investigación, transferencia y gestión en Museos Históricos |
Seminario permanente
| Terán | Seminario de Historia de las Ideas, los Intelectuales y la Cultura “Oscar Terán” |