La actividad central del Instituto, vinculada a la investigación, está organizada en Programas y Grupos de Trabajo. En el marco de los mismos se desarrollan conferencias de profesores de diversas universidades del país y del extranjero como así también cursos y seminarios donde se discuten trabajos de sus investigadores y de invitados especiales.
Grupos de trabajo
- Grupo de Estudios Afrolatinoamericanos (GEALA)
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Grupo de Estudios de Historia de la Iglesia, siglos XVIII y XIX (RELIGIO)
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Grupo de Estudios e Investigaciones de Procesos Políticos (GEIPP)
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Grupo de Investigación sobre Historia Argentina del Siglo XX
- Grupo de Historia Popular
Redes
- Red de Estudios Rurales (RER)
- Red de Estudios Indígenas y Campesinos (REIC)
- Red de estudios sobre política, cultura y representaciones en el Río de la Plata durante la primera mitad del siglo XIX
- Red de Estudios Biográficos de América Latina (REBAL)